Alors que Castle travail d’ordinaire seul, il rejoint les nouveaux Thunderbolts de Hulk Rouge lorsque le général Rosse le lui propose. L’équipe comprend quelques uns des assassins les plus redoutable du monde : Elktra avec qui il eu un relation amoureuse, Deadpool, l’Agent Venom et Hulk Rouge. Quand Ross tente de ressusciter le Leader, le Punisher abat ce dernier d’une balle dans la tête Le Leader est ramené a la vie grâce au radiations gamma émise par Hulk Rouge, mais l’équipe se fracture, ne restant unie que le temps d’accomplie=r quelques missions. Alors que Ross permet a chaque membre de sélectionner une mission, Castle choisit une famille de criminel s du New Jersey à éliminer. Le Punisher finit par quitter le groupe et reprend son rôle de justicier solitaire.
Lorsqu’il devient clair que le monde va être détruit à cause de l’incursion d’autre Terres parallèles, Le Punisher élimine certains des plus grands super-vilains de New York avant de périr en combattant les terroriste de l’Aube Noire. Il revient à la vie quand la réalité est reconstruite à la suite des Guerres Secret.
